KLASIFIKASI ASETILASI DAN METILASI PADA DNA RAGI MENGGUNAKAN METODE LONG SHORT-TERM MEMORY (LSTM)

MOHAMMAD , FAJAR (2023) KLASIFIKASI ASETILASI DAN METILASI PADA DNA RAGI MENGGUNAKAN METODE LONG SHORT-TERM MEMORY (LSTM). FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM, UNIVERSITAS LAMPUNG.

Preview	File PDF ABSTRAK.pdf Download (665Kb) | Preview
	File PDF SKRIPSI FULL.pdf Restricted to Hanya staf Download (4Mb) | Minta salinan
Preview	File PDF SKRIPSI TANPA BAB PEMBAHASAN.pdf Download (3991Kb) | Preview

Abstrak (Berisi Bastraknya saja, Judul dan Nama Tidak Boleh di Masukan)

DNA merupakan molekul di dalam sel yang mengandung informasi genetik yang bertanggung jawab atas perkembangan dan fungsi suatu organisme. DNA merupakan sebuah cetak biru untuk membuat protein. Terdapat protein yang disebut Histone. Histone terdiri dari empat jenis, yaitu H2A, H2B, H3, dan H4 dan biasanya DNA berada di sekeliling Histone. DNA sebagai struktur dasar pembentuk protein, pada prosesnya akan terjadi proses transkripsi yang mengubah DNA menjadi RNA kemudian menjadi protein. Pada protein terjadi modifikasi pada asam amino saat proses, yaitu Asetilasi dan Metilasi. Pada Tahun 2005 dilakukan penelitian mengenai klasifikasi DNA oleh Pokholok et al., dan didapatkan data DNA dari organisme Ragi. Data tersebut berisikan sekuens DNA ada atau tidaknya Histone atau modifikasi DNA. Untuk melakukan klasifikasi DNA diperlukan sumber daya yang besar sehingga untuk mengatasi hal tersebut digunakanlah metode komputasi. Penelitian ini akan dilakukan pengklasifikasian biner terhadap DNA Ragi. DNA Ragi akan diklasifikasikan dengan menentukan apakah terdapat Histone, terjadi Asetilasi atau Metilasi. Metode yang digunakan adalah Long Short- Term Memory (LSTM). Penelitian ini bertujuan untuk melakukan Experiment seberapa baik kinerja pengklasifikasian secara spasial pada data DNA. Dataset yang digunakan diperoleh dari penelitian Pokholok et al., (2005) yang berisikan sepuluh dataset. Setiap dataset memiliki dua kelas, yaitu positif dan negatif. Pembagian data dilakukan dengan skenario, yaitu 80% training dan 20% testing. Evaluasi model dilakukan menggunakan Confusion Matrix dengan metrik evaluasi yang digunakan yaitu Accuracy, Precision, dan Recall. Hasil klasifikasi DNA Ragi terbaik didapatkan dari Experiment 4 yang memiliki rerata Accuracy Pengujian yang terbaik dengan rerata Accuracy sebesar 63,10%, Precision sebesar 62,95%, dan Recall sebesar 77,80%. Kata Kunci: DNA Ragi, Histone, Asetilasi dan Metilasi, LSTM. DNA is a molecule inside cells that contains genetic information responsible for the development and function of an organism. DNA is a blueprint for making proteins. There are proteins called Histones. Histone consists of four types, namely H2A, H2B, H3, and H4 and usually DNA is around Histone. DNA as the basic structure of protein formation, in the process there will be a transcription process that converts DNA into RNA and then into protein. In proteins, there are modifications to amino acids during the process, namely acetylation and methylation. In 2005, research was conducted on DNA classification by Pokholok et al., and obtained DNA data from yeast organisms. The data contains DNA sequences of the presence or absence of Histone or DNA modifications. To perform DNA classification, large resources are needed so that to overcome this, computational methods are used. This research will do a binary classification of yeast DNA. Yeast DNA will be classified by determining whether there is Histone, Acetylation or Methylation. The method used is Long Short-Term Memory (LSTM). This research aims to experiment how well the spatial classification performance on DNA data. The dataset used is obtained from the research of Pokholok et al., (2005) which contains ten datasets. Each dataset has two classes, namely positive and negative. Data division is done by scenario, which is 80% training and 20% testing. Model evaluation is done using Confusion Matrix with evaluation metrics used, namely Accuracy, Precision, and Recall. The best Yeast DNA classification results were obtained from Experiment 4 which had the best average Testing Accuracy with an average Accuracy of 63.10%, Precision of 62.95%, and Recall of 77.80%. Keywords: Yeast DNA, Histone, Acetylation and Methylation, LSTM.

Jenis Karya Akhir:	Skripsi
Subyek:	000 Ilmu komputer, informasi dan pekerjaan umum 500 ilmu pengetahuan alam dan matematika
Program Studi:	FAKULTAS MIPA > Prodi Ilmu Komputer
Pengguna Deposit:	2308637917 . Digilib
Date Deposited:	16 Jan 2024 03:33
Terakhir diubah:	16 Jan 2024 03:33
URI:	http://digilib.unila.ac.id/id/eprint/78064

Actions (login required)

Lihat Karya Akhir