<> "The repository administrator has not yet configured an RDF license."^^ . <> . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM)"^^ . "Crotonylation merupakan salah satu jenis modifikasi pascatranslasi (PTM) berupa\r\npenambahan gugus asil pada asam amino lisin. Modifikasi ini memiliki kemampuan\r\ndalam mengatur ekspresi gen dan ditemukan terlibat pada beberapa penyakit,\r\nseperti depresi, ginjal kronis, hingga kanker. Identifikasi situs PTM menjadi hal\r\nkrusial mengingat perannya dalam siklus sel. Metode machine learning untuk\r\nklasifikasi situs PTM dapat digunakan sebagai alternatif dalam mengenali situs\r\nPTM, namun membutuhkan data yang relatif banyak agar dapat memberikan hasil\r\nyang andal. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode klasifikasi LightGBM\r\ndan teknik oversampling ADASYN untuk menangani ketersediaan data protein\r\ncrotonylation yang cukup sedikit. Data yang digunakan diperoleh dari situs UniProt\r\nterdiri dari 159 data positif dan 847 data negatif. Ekstraksi fitur menggunakan\r\nbinary encoding, position weight amino acid, encoding based on grouped weight,\r\nk-nearest neighbors, dan pseudo-position specific scoring matrix menghasilkan 833\r\nfitur. 5-fold cross-validation digunakan pada proses training untuk mencari\r\nkombinasi hyperparameter terbaik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa\r\npembagian data menggunakan 90% data sebagai data latih dan 10% data sebagai\r\ndata uji memberikan hasil tertinggi dengan nilai accuracy sebesar 96,04%,\r\nsensitivity sebesar 87,50%, specificity sebesar 97,65%, MCC sebesar 85,15%, dan\r\nAUC sebesar 98,90%.\r\nKata kunci: modifikasi pascatranslasi, crotonylation, ADASYN, LightGBM\r\n\r\nCrotonylation is a type of post-translational modification (PTM). It is an addition\r\nof acyl group to the lysine residues. This modification has the ability to regulate\r\ngene expression and has been found to be involved in several diseases, such as\r\ndepression, chronic kidney disease, and cancer. Identification of PTM sites is\r\ncrucial considering their role in the cell cycle. Machine learning methods for\r\nclassifying PTM sites can be used as an alternative for recognizing PTM sites, but\r\nthey require relatively large amounts of data to provide reliable results. This\r\nresearch was carried out using the LightGBM classification method and the\r\nADASYN oversampling technique to handle the limited availability of crotonylated\r\nprotein sequences. The data was obtained from the UniProt website consisting of\r\n159 positive data (crotonylated) and 847 negative data (noncrotonylated). Feature\r\nextraction by using binary encoding, position weight amino acid, encoding based\r\non grouped weight, k-nearest neighbors, and pseudo-position specific scoring\r\nmatrix produced 833 features. 5-fold cross validation was used in the training\r\nprocess to find best hyperparameter combinations. The results showed that the\r\nhighest result was obtained by using 90% of the data as training data with the\r\napplication of ADASYN oversampling (n_neighbors=9) and 10% of the data as test\r\ndata with 96,04% accuracy, 87,50% sensitivity, 97.65% specificity, 85,15% MCC,\r\nand 98,90% AUC.\r\nKeywords: post-translational modification, crotonylation, ADASYN, LightGBM"^^ . "2023-11-23" . . . . . "FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM"^^ . . . . . . . "Awalia"^^ . "Ardella Dean"^^ . "Awalia Ardella Dean"^^ . . . . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (File PDF)"^^ . . . "ABSTRAK.pdf"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (File PDF)"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (File PDF)"^^ . . . "SKRIPSI TANPA BAB PEMBAHASAN.pdf"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "lightbox.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "preview.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "medium.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "small.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "indexcodes.txt"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "indexcodes.txt"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "lightbox.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "preview.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "medium.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "small.jpg"^^ . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . . "KLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL\r\nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN\r\nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING\r\nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE\r\n(LightGBM) (Other)"^^ . . . . . "HTML Summary of #77446 \n\nKLASIFIKASI IMBALANCED DATA UNTUK POST-TRANSLATIONAL \nMODIFICATION (PTM) PADA SEQUENCES PROTEIN LISIN \nMENGGUNAKAN ADAPTIVE SYNTHETIC (ADASYN) SAMPLING \nDENGAN METODE LIGHT GRADIENT BOOSTING MACHINE \n(LightGBM)\n\n" . "text/html" . . . "000 Ilmu komputer, informasi dan pekerjaan umum" . . . "500 ilmu pengetahuan alam dan matematika" . .