title: KLASIFIKASI ASETILASI DAN METILASI PADA DNA RAGI  MENGGUNAKAN METODE LONG SHORT-TERM MEMORY (LSTM)
creator: MOHAMMAD , FAJAR 
subject: 000 Ilmu komputer, informasi dan pekerjaan umum
subject: 500 ilmu pengetahuan alam dan matematika
description: DNA merupakan molekul di dalam sel yang mengandung informasi genetik yang  bertanggung jawab atas perkembangan dan fungsi suatu organisme. DNA  merupakan sebuah cetak biru untuk membuat protein. Terdapat protein yang  disebut Histone. Histone terdiri dari empat jenis, yaitu H2A, H2B, H3, dan H4 dan  biasanya DNA berada di sekeliling Histone. DNA sebagai struktur dasar pembentuk  protein, pada prosesnya akan terjadi proses transkripsi yang mengubah DNA  menjadi RNA kemudian menjadi protein. Pada protein terjadi modifikasi pada asam  amino saat proses, yaitu Asetilasi dan Metilasi. Pada Tahun 2005 dilakukan  penelitian mengenai klasifikasi DNA oleh Pokholok et al., dan didapatkan data  DNA dari organisme Ragi. Data tersebut berisikan sekuens DNA ada atau tidaknya  Histone atau modifikasi DNA. Untuk melakukan klasifikasi DNA diperlukan  sumber daya yang besar sehingga untuk mengatasi hal tersebut digunakanlah  metode komputasi. Penelitian ini akan dilakukan pengklasifikasian biner terhadap  DNA Ragi. DNA Ragi akan diklasifikasikan dengan menentukan apakah terdapat  Histone, terjadi Asetilasi atau Metilasi. Metode yang digunakan adalah Long Short-  Term Memory (LSTM). Penelitian ini bertujuan untuk melakukan Experiment  seberapa baik kinerja pengklasifikasian secara spasial pada data DNA. Dataset  yang digunakan diperoleh dari penelitian Pokholok et al., (2005) yang berisikan  sepuluh dataset. Setiap dataset memiliki dua kelas, yaitu positif dan negatif.  Pembagian data dilakukan dengan skenario, yaitu 80% training dan 20% testing.  Evaluasi model dilakukan menggunakan Confusion Matrix dengan metrik evaluasi  yang digunakan yaitu Accuracy, Precision, dan Recall. Hasil klasifikasi DNA Ragi  terbaik didapatkan dari Experiment 4 yang memiliki rerata Accuracy Pengujian  yang terbaik dengan rerata Accuracy sebesar 63,10%, Precision sebesar 62,95%,  dan Recall sebesar 77,80%.  Kata Kunci: DNA Ragi, Histone, Asetilasi dan Metilasi, LSTM.    DNA is a molecule inside cells that contains genetic information responsible for the  development and function of an organism. DNA is a blueprint for making proteins.  There are proteins called Histones. Histone consists of four types, namely H2A,  H2B, H3, and H4 and usually DNA is around Histone. DNA as the basic structure  of protein formation, in the process there will be a transcription process that  converts DNA into RNA and then into protein. In proteins, there are modifications  to amino acids during the process, namely acetylation and methylation. In 2005,  research was conducted on DNA classification by Pokholok et al., and obtained  DNA data from yeast organisms. The data contains DNA sequences of the presence  or absence of Histone or DNA modifications. To perform DNA classification, large  resources are needed so that to overcome this, computational methods are used.  This research will do a binary classification of yeast DNA. Yeast DNA will be  classified by determining whether there is Histone, Acetylation or Methylation. The  method used is Long Short-Term Memory (LSTM). This research aims to  experiment how well the spatial classification performance on DNA data. The  dataset used is obtained from the research of Pokholok et al., (2005) which contains  ten datasets. Each dataset has two classes, namely positive and negative. Data  division is done by scenario, which is 80% training and 20% testing. Model  evaluation is done using Confusion Matrix with evaluation metrics used, namely  Accuracy, Precision, and Recall. The best Yeast DNA classification results were  obtained from Experiment 4 which had the best average Testing Accuracy with an  average Accuracy of 63.10%, Precision of 62.95%, and Recall of 77.80%.  Keywords: Yeast DNA, Histone, Acetylation and Methylation, LSTM.
publisher: FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
date: 2023-12-04
type: Skripsi
type: NonPeerReviewed
format: text
identifier: http://digilib.unila.ac.id/78064/1/ABSTRAK.pdf
format: text
identifier: http://digilib.unila.ac.id/78064/3/SKRIPSI%20FULL.pdf
format: text
identifier: http://digilib.unila.ac.id/78064/2/SKRIPSI%20TANPA%20BAB%20PEMBAHASAN.pdf
identifier:   MOHAMMAD , FAJAR   (2023) KLASIFIKASI ASETILASI DAN METILASI PADA DNA RAGI MENGGUNAKAN METODE LONG SHORT-TERM MEMORY (LSTM).  FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM, UNIVERSITAS LAMPUNG.     
relation: http://digilib.unila.ac.id/78064/